Bảo mật thông tin tài chính của khách hàng là 1 yếu tố rất quan trọng, được tất cả các ngân hàng trực tuyến công nhận. Tương tự như vậy, rủi ro uy tín đối với chính các ngân hàng là rất quan trọng. Các tổ chức tài chính đã thiết lập các quy trình bảo mật khác nhau để giảm rủi ro truy cập trực tuyến trái phép vào hồ sơ của khách hàng, nhưng không có sự thống nhất với các phương pháp khác nhau được áp dụng.[11]

Mặc dù xác thực mật khẩu vẫn đang được sử dụng, nhưng bản thân nó không được coi là đủ an toàn cho ngân hàng trực tuyến ở một số quốc gia. Về cơ bản, có hai phương thức bảo mật khác nhau được sử dụng cho ngân hàng trực tuyến:

• Hệ thống PIN/TAN có mã PIN đại diện cho mật khẩu, được sử dụng để đăng nhập và TAN đại diện cho đoạn mã xác thực giao dịch. TAN có thể được phân phối theo nhiều cách khác nhau, cách phổ biến nhất là gửi danh sách TAN cho người dùng ngân hàng trực tuyến bằng thư bưu chính. Một cách khác để sử dụng TAN là tạo chúng bằng cách sử dụng mã thông báo bảo mật. Các TAN được tạo mã thông báo này phụ thuộc vào thời gian và độ bảo mật, được lưu trữ trong mã thông báo bảo mật (xác thực hai yếu tố hoặc 2FA). Các trình tạo TAN tiên tiến hơn (chipTAN) sẽ bao gồm việc gửi dữ liệu giao dịch cho máy chủ sở hữu sau khi hiển thị trên màn hình của người đăng nhập, nhằm cho phép người dùng phát hiện các cuộc tấn công trung gian do hacker thực hiện khi cố gắng bí mật thao tác dữ liệu giao dịch trong nền tảng của PC[12].
• Một cách khác để cung cấp TAN cho người dùng ngân hàng trực tuyến là gửi TAN của giao dịch ngân hàng hiện tại tới điện thoại di động (GSM) của người dùng qua SMS. Văn bản SMS thường trích dẫn số tiền và chi tiết giao dịch, TAN chỉ có hiệu lực trong một khoảng thời gian ngắn. Đặc biệt tại Đức, Áo và Hà Lan, nhiều ngân hàng đã áp dụng dịch vụ "SMS TAN" này. Ngoài ra còn có dịch vụ "PhotoTAN", nơi ngân hàng tạo và gửi hình ảnh mã QR đến thiết bị điện thoại thông minh của người dùng ngân hàng trực tuyến. Thông thường ngân hàng trực tuyến với mã PIN/TAN được thực hiện thông qua trình duyệt web bằng các kết nối được bảo mật SSL, do đó không cần mã hóa bổ sung.
• Chữ ký dựa trên ngân hàng trực tuyến nơi tất cả các giao dịch được ký và mã hóa kỹ thuật số[13]. Khóa để tạo chữ ký và mã hóa có thể được lưu trữ trên thẻ thông minh hoặc bất kỳ phương tiện bộ nhớ nào, tùy thuộc vào việc triển khai cụ thể.